پیشینیه انجمن کشتیرانی و خدمات وابسته به سال 1332 هجری شمسی (1953 میلادی) باز میگردد. در آن سال به علت معضلاتی که در بندر خرمشهر برای نوبت دهی جهت پهلوگیری کشتیها پدید آمده بود، نمایندگان خطوط کشتیرانی برای رفع مشکل تراکم کشتیها در لنگرگاه بندر خرمشهر که در آن زمان به عنوان مهمترین و فعالترین بندر تجاری کشور محسوب می باشد در تاریخ 14 مهرماه 1332 به تشکیل سندیکای نمایندگان خطوط کشتیرانی اقدام نمودند.
این سندیکا در ابتدا به سامان دادن روند نوبت دهی به کشتیها پرداخت تا به تدریج مشکل تراکم پدید آمده در لنگرگاه با هماهنگی اداره بندر خرمشهر بر طرف گردید. در سال 1333 (1954 میلادی) این سندیکا با تکیه بر موفقیت خود در بندر خرمشهر فعالیتهای خود را در سایر بنادر کشور از جمله بوشهر، بندر امام خمینی رحمت ا... علیه (که آن زمان بندر شاهپور نام داشت) بندرعباس گسترش داد و عملاً به عنوان هماهنگ کننده بین نمایندگان خطوط کشتیرانی اقدام می کرد.
در سال 1349 ( 1970 میلادی ) سندیکای نمایندگان خطوط کشتیرانی باتوجه به وسعت یافتن فعالیتهایش در بنادر مختلف کشور و به لحاظ تحولاتی که در ساختار اقتصادی دولت ایران بوجود آمده بود به نوعی تغییر شکل داد و فعالیت خود را با عنوان سندیکای صاحبان و نمایندگان کشتیرانی ادامه داد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی و باتوجه به شرایط جدید حاکم بر کشور نام سندیکای صاحبان و نمایندگان کشتیرانی به انجمن صاحبان و نمایندگان کشتیرانی و خدمات جنبی تغییر پیدا کرد. با خاتمه جنگ تحمیلی در سال 1367 (1988 میلادی) و با عنایت به نقش موثر نهادهای صنفی برای برآورده ساختن ضرورتهای اقتصادی و نیازهای اقتصادی کشور در دوران پس از جنگ، ساختار انجمن در اوایل دهه 70 هجری شمسی دچار تغییراتی شد و از سال 1373 (1994 میلادی) با نام انجمن کشتیرانی و خدمات وابسته به فعالیت خود برای ارتقاء سطح کمی و کیفی حمل و نقل دریایی، خدمات بندری و لجستیکی در جمهوری اسلامی ایران با مشارکت در سیاستگذاری ها و تدوین استراتژی های کلان کشور ادامه داد.