دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر از بین موسسات و مراکز آموزش عالی کشور به جهت تخصصی بودن گرایشهای تحصیلی آن در کل منطقه از جایگاهی ویژه برخوردار است. این دانشگاه برای اولین بار در سال 1355 (ه .ش) در منطقه ای همجوار با بندر خرمشهر و بنام دانشکده علوم دریایی (تاسیس و مشغول فعالیتهای پژوهشی) گردید. این دانشکده پس از جنگ تحمیلی واز سال 1370 با پذیرش بیش از 10 نفر دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد در دو رشته فیزیک دریا و بیولوژی ماهیان دریا و بعنوان دانشکده ای از دانشگاه شهید چمران اهواز رسما فعالیت آموزشی، علمی – پژوهشی خود را آغاز نمود. پس از فعالیتها وتلاشهای شبانه روزی و با خواست وزارت و هیأت دولت محترم دانشگاه در سال 1382 وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از دانشگاه شهید چمران اهواز منفک و به عنوان دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر مستقل گردید.